Il clima a Zanzibar è suddiviso in due stagioni principali: due secche e due piovose. Le stagioni secche vanno da dicembre a febbraio e da giugno ad ottobre e sono le più calde con temperature che raggiungono anche gli oltre 30 °C, mentre le stagioni piovose riguardano i mesi che vanno da marzo a maggio e il mese di novembre.
Il periodo ideale per visitare Zanzibar va da dicembre a febbraio e da giugno ad ottobre. Nei mesi restanti è possibile incappare in bruschi e frequenti temporali, tipici delle stagioni umide.